Добрый день, вы наверное имели в виду СТО 9701105632-003-2021. Да, СТО не принят взамен РД 03-606-03, он является независимым документом (хоть и основан на РД 03-606-03) по проведению ВИК.
Исходя из письма и ФЗ-162 следует, что организация сама вправе выбирать по каким документам работать (но на текущий момент, документов по ВИК не так уж и много).

В конце письма есть такая фраза (многие до нее не дочитывают):
"При этом однозначно определить возможность и область применения СТО 9701105632-003-2021 не представляется возможным, так как он является стандартом организации, распространение и определение права использования которого, осуществляются на коммерческой основе и не может рассматриваться в качестве замены РД 03-606-03."

Ростехнадзор не приобретал официальное издание СТО 9701105632-003-2021 и, соответственно, не имеет официального текста и не может "однозначно определить возможность и область применения СТО" (сложно судить о том, чего у тебя нет).

СТО (стандарт организации) — является нормативным документом для организации в которой он был разработан (ООО «Сварка и контроль»). Но, в соответствии со ст.21 Федерального закона от 29 июня 2015г. №162-ФЗ «О стандартизации в Российской Федерации» и п.4.18 ГОСТ Р 1.4 «Стандарты организаций. Общие положения»:

«Стандарт организации, разработанный и утвержденный одной организацией, может использоваться другой организацией в своих интересах только по договору с утвердившей его организацией, в котором при необходимости предусматривается положение о получении информации о внесении в стандарт последующих изменений.»

Т.е., после официального приобретения, любая сторонняя организация может применять СТО 9701105632-003-2021 и указывать его в рабочей документации на абсолютно законных основаниях вместо РД 03-606-03.

Надеюсь, я ответил на Ваш вопрос? Если нужны еще какие-нибудь разъяснения, прошу сообщить.